ایستادگی "سید مصطفی" در برابر خانهای کوچک و بزرگ خمین، عرصه را بر آنان تنگ کرده بود. چند ماه از تولد "روح الله" نگذشته بود که صدای شلیک گلولهای در کوره راه کوهستانهای میان خمین و اراک پیچید و به دنبال آن، مردی سرفراز، بر خاک افتاد. مزدوران خانها، بیخبر و ناجوانمردانه، وی را هدف قرار دادند و او را به شهادت رساندند.وقتی خبر شهادت آن سید مبارز را همه شنیدند، "روح الله" بیش از ۵ ماه نداشت.
خبر شهادت پدر امام، در شهرهای اطراف پیچید و همهء مظلومان و بیپناهان را ناراحت کرد. علمای شهرها، بیکار ننشستند و از حاکم اراک خواستند تا هر چه زودتر، قاتل یا قاتلان او را دستگیر کند. حاکم اراک نیز، حکم بازداشت قاتل یا قاتلان را صادر کرد و بلافاصله مأمورانی را برای دستگیری او به منطقه فرستاد. مأموران حاکم، پس از مدتی تعقیب و گریز، قاتل را در قلعهای قدیمی به دام انداختند. او تسلیم نمیشد؛ ولی بعد از چند ساعت تیراندازی، سرانجام، مأموران او را دستگیر کردند و به تهران فرستادند.